L'histoire se déroule après la fin du manga Card Captor Sakura.

Alors qu'elle vient tout juste d'entrer au collège, Sakura est perturbée par un rêve étrange. Après celui-ci, notre jeune héroïne découvre avec surprise que ces cartes sont devenues transparentes et inutilisables.

De plus, elle obtient un nouveau pouvoir, celui de sceller de nouvelles cartes encore inconnues jusqu'à maintenant. Mais quel est le lien entre ces cartes disparues et les nouvelles ? 

Tsukino Usagi, 14 ans, une jeune collégienne comme tant d'autres, qui a parfois du mal à ramener de bon résultats à la maison, ce qui rend dingue sa mère. La jeune fille se rêve alors en super-héroïne, à l'image de Sailor V.

Un jour, elle aide un étrange petit chat. Il s'agit de Luna, qui lui octroie les pouvoirs de Sailor Moon, la guerrière de la Lune. Elle va alors combattre une étrange entité qui volait l'énergie de ses victimes grâce à des bijoux. Elle fera aussi la rencontre de l'Homme Masqué, un homme étrange a la recherche du "cristal d'argent".

Plus tard, Usagi sera rejoint dans son combat contre le mal par d'autres guerrières.